クリニック・病院のAI導入に使える補助金｜対象・締切と申請の流れ【2026年度】

2026年度（令和8年度）、クリニックや病院がAI・RPAの導入に使える国の補助金の中心は、「デジタル化・AI導入補助金」（旧：IT導入補助金）です。通常枠の補助率は原則2分の1以内で、補助額は5万円から450万円までです。医療法人は、常時使用する従業員が300人以下なら対象になります。通常枠の7次の締切は2026年12月1日（火）17:00、事業全体の交付申請の最終締切は2027年1月7日（木）17:00です。通常枠の8次の日程は、まだ公表されていません。

この記事は、AI・RPAの導入を考えているクリニック・病院の院長・事務長の方に向けて書いています。デジタル化・AI導入補助金の対象・締切・申請の流れと、申請の前の注意点を整理しました。病院向けの厚生労働省の支援と、労働局の助成金にも触れます。

調査基準日：2026年11月13日（更新日：2026年11月13日）。制度の記述は、中小企業デジタル化・AI導入支援事業事務局の公募要領（通常枠、2026年10月9日作成）・事業スケジュール・お知らせにもとづいています。あわせて、厚生労働省・デジタル庁・独立行政法人情報処理推進機構（IPA）などの公表資料を参照しました。

医療機関のAI・RPA導入に使える補助金はどれですか

AI・RPAの導入費用の一部を賄える国の制度は、主に次の4つです。2026年11月13日の時点で、クリニックがこれから申請を準備できるのは、主にデジタル化・AI導入補助金です。働き方改革推進支援助成金は、11月30日が期限です。病院向けの業務効率化・職場環境改善支援事業は、2026年度の選定が8月26日ごろの予定で、その時期は過ぎています。業務改善助成金の申請期間が残っているのは、5府県だけです。

※各制度の公表資料（2026年11月13日に確認）をもとに、MedSyncが要点をまとめたものです。くわしい要件は、各節と出典をご覧ください。

次の節からは、医療法人や、個人で開業している診療所が申請できるデジタル化・AI導入補助金を中心に説明します。病院向けの事業と2つの助成金は、「病院向けの支援や、労働局の助成金も使えますか」の節にまとめました。

出典：中小企業デジタル化・AI導入支援事業事務局「デジタル化・ＡＩ導入補助金２０２６ 公募要領（通常枠）」 PDF p.3・p.5〜7・p.15〜16、同「事業スケジュール」、厚生労働省「働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）」、同 支給要領 PDF p.7・p.11、同「医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業について」、同 実施要綱（医政発0213第22号） PDF p.2・p.4〜5、同「業務改善助成金」、同「令和８年度地域別最低賃金全国一覧」

デジタル化・AI導入補助金2026の締切はいつですか

デジタル化・AI導入補助金は、IT導入補助金が2026年度に名前を変えたものです。事業の名前は「中小企業デジタル化・AI導入支援事業」で、TOPPAN株式会社が運営する事務局が申請を受け付けています。交付申請の受付は2026年3月30日（月）に始まり、締切の回ごとに交付決定日が決まっています。

通常枠の7次の締切は、2026年12月1日（火）17:00です。交付決定日は、2027年1月19日（火）の予定です。ITツールの導入・支払いと実績報告の期限は、2027年7月30日（金）17:00の予定です。事業スケジュールには通常枠の8次の欄もありますが、日付はまだ載っていません。事業全体の交付申請の最終締切は、2027年1月7日（木）17:00です。締切はどの回も当日の17:00で、入力の途中で期限を過ぎた申請は破棄されます。

選べるITツールと、登録の締切

医療機関が交付申請で選べるのは、事務局に登録されたITツールだけです。ITツールの新規登録と登録内容の追加の最終締切は、上の図のとおりです。導入したいツールがまだ登録されていない場合は、早めにIT導入支援事業者へ登録の予定をお尋ねください。

GビズIDプライムは最初に取得

交付申請には、GビズIDプライムのアカウントが要ります。GビズIDプライムの申請方法は、オンライン申請と書類申請の2つです。選べる方法は、事業区分やマイナンバーカードの保有状況などで変わります。2026年7月9日から、法人代表者のオンライン申請の審査は、24時間365日速やかに行われるようになりました。一方、書類申請の審査期間は、最大1か月になりました。書類申請では、12月1日の締切に審査が間に合わない場合があります。

すでにGビズIDをお持ちの場合も、有効期限をご確認ください。2026年7月9日から、GビズIDプライムのアカウントに有効期限が設けられました。有効期限が導入される前に発行されたアカウントは、2028年10月ごろまで有効です。導入の後に発行されたアカウントは、発行日から2年3か月有効です。期限は、GビズIDのマイページで確認・更新できます。更新の手続きには、最大1か月ほどかかることがあります。

出典：事務局「事業スケジュール」、同「【デジタル化・AI導入補助金2026】交付申請の最終締め切り日について」（2026年10月30日）、同「【デジタル化・AI導入補助金2026】ITツール登録の最終締め切り日について」（2026年10月29日）、同「デジタル化・AI導入補助金2026の概要について」（2026年1月23日）、公募要領 PDF p.5、デジタル庁「GビズID」（2026年7月9日のお知らせ）、同「アカウントの有効期限」

クリニック・医療法人は対象ですか（補助率・補助額）

医療法人は、常時使用する従業員が300人以下であれば、申請の対象になります。ただし、公募要領の上では「小規模事業者」に当たりません。このため、セキュリティ対策推進枠などにある小規模事業者向けの補助率は使えません。「常時使用する従業員」は、労働基準法第20条の「予め解雇の予告を必要とする者」を指し、役員は含みません。

なお、1つの大企業が出資などの2分の1以上を持つ事業者や、直近3年分の課税所得の年平均が15億円を超える事業者などは、対象外です。くわしくは、公募要領の「申請の対象外となる事業者」（2-1-2）をご覧ください。

個人で開業している診療所は、個人事業主として申請します。事務局の公式サイトの「申請の対象となる方」は、医療をサービス業の例に挙げています。サービス業は、資本金5,000万円以下か、常時使用する従業員100人以下のどちらかを満たせば対象です。個人事業主の本人は、従業員の数に含みません。

通常枠の補助額・補助率と、対象になる経費

※通常枠の内容です。インボイス枠・セキュリティ対策推進枠・複数者連携デジタル化・AI導入枠は、補助率や対象経費が異なります。

補助率が2分の1の場合、補助額が150万円以上の区分になるのは、補助の対象になる経費が300万円以上のときです。この区分では、ITツールが4つ以上のプロセスを含む必要があります。

医療機関に当てはめた申請の要件

※公募要領の申請要件のうち、医療機関がまず確かめたいものを抜き出しました。すべての要件は、公募要領に載っています。

出典：公募要領 PDF p.3・p.6〜11・p.13〜17・p.19〜20、事務局「申請の対象となる方」、同「第7次公募回以降における制度変更のお知らせ」（2026年10月9日）、同「交付申請手続きにおける「SECURITY ACTION」自己宣言IDの登録について」（2026年2月27日）、デジタル庁「GビズID」

AI・RPAはどの区分で申請しますか

デジタル化・AI導入補助金で補助の対象になるのは、事務局にあらかじめ登録されたITツールだけです。公募要領は、補助の対象になるソフトウェアについて「ＡＩを含む」と明記しています。申請するITツールは、受け持つ業務の区分（プロセス）を1つ以上含む必要があります。

プロセスは、どの業種にも共通する5つ（共Ｐ-01〜05）、業種ごとの1つ（医療業は医Ｐ-06）、汎用の1つ（汎Ｐ-07）に分かれています。補助額が150万円以上の申請では、共Ｐ-01から汎Ｐ-07のうち4つ以上が必要です。

※公募要領の別紙2の機能の例を、MedSyncが医療機関の業務に当てはめて整理したものです。実際のITツールがどのプロセスで登録されているかは、ITツール検索で調べるか、IT導入支援事業者にお尋ねください。医Ｐ-06のツールには、厚生労働省標準規格にもとづくデータの共有や二次利用ができることが求められています。

RPAとチャットボットの扱い

RPA（パソコンの操作を人の代わりに行うソフトのロボット）とチャットボットは、汎用プロセス（汎Ｐ-07）の例に挙がっています。汎用プロセスだけのITツールは、単独では交付申請できません。業務プロセス（共Ｐ-01〜05・医Ｐ-06）を含むITツールと組み合わせると、1つのプロセスとして数えられ、申請できるようになります。

RPAのシナリオ（ロボットの動きの手順）を作る費用は、導入設定などの役務として登録されます。役務の補助対象経費は、合わせて200万円が上限です。RPAで何ができるかは、RPAとは？医療機関で自動化できる業務と導入のポイントで解説しています。

AI機能のあるITツールの探し方

事務局のITツール検索では、AI機能のあるツールを絞り込めます。絞り込みの対象は、IT導入支援事業者がAI機能ありとして登録を申請したツールです。

出典：公募要領 PDF p.5・p.15〜16・p.38〜41（別紙2）、事務局「デジタル化・AI導入補助金2026の概要について」（2026年1月23日）

申請はどう進み、どんな書類が要りますか

デジタル化・AI導入補助金は、医療機関（申請者）とIT導入支援事業者が「共同事業体」として申請します。事業計画やITツールの情報は支援事業者が入力し、医療機関が内容を確かめて提出します。補助金を受け取るのは、ITツールの代金を支払い、実績報告を済ませた後です。

導入の後は、効果報告をします。最初の報告は、事業計画期間が始まる前に行います。2027年3月から、ITツールを使い続けていることを示す書類を出します（受付の日程は、事務局が順次公表）。その後、事業計画の1〜3年度目について、2028年4月〜2029年1月、2029年4月〜2030年1月、2030年4月〜2031年1月の3回、報告します。

交付申請に必要な書類

交付申請の書類は、法人（医療法人）が3種類、個人事業主（個人で開業している診療所）が4種類です。

※代わりの書類は認められません。確定申告書は2025年（令和7年）分（やむを得ない事情がある場合は2024年分も可）で、税務署が受領したことがわかるものに限ります。マイナンバーや保険者番号などの個人情報が載っている場合は、その箇所を黒塗りにするなどして、判別できないようにします。補助率3分の2の適用を受ける場合は、賃金状況報告シートも提出します。

出典：公募要領 PDF p.5・p.17〜20・p.28〜29・p.31

申請の前に確かめたい7つの注意点

公募要領から、申請の前に押さえておきたい点を7つにまとめました。確かめた項目に、チェックを入れながらお読みください。

出典：公募要領 PDF p.8〜9・p.16・p.21〜22・p.28〜29・p.31・p.33〜35、事務局「事業スケジュール」

病院向けの支援や、労働局の助成金も使えますか

デジタル化・AI導入補助金のほかに、厚生労働省と都道府県労働局にも、業務の効率化に使える制度があります。ただし、2026年度の受付の時期が過ぎたものや、期限が近いものがあります。

医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業（病院）

都道府県が実施し、厚生労働省（医政局）が実施要綱を定めて、補助の対象となる病院を選ぶ事業です（2025年度からの繰越分として、2026年度に実施）。対象は、保険医療機関コードがあり、2026年4月1日から申請の時点までに診療報酬の請求の実績がある病院です。診療所は、対象になりません。

2026年4月1日の時点で、ベースアップ評価料を届け出ていることが求められます。定量的な目標を含む「業務効率化計画」を作り、管理者が委員長となる業務効率化推進委員会を置くことなども必要です。

補助は、2026年度中に生じる業務効率化の経費の5分の4（国が3分の2、都道府県が3分の1を負担）が上限です。1施設あたりの上限額は、8,000万円です。実施要綱は、対象になるICT機器等に「生成ＡＩを活用した各種業務支援サービス（ＡＩ問診や文書自動作成支援等）」を挙げています。ソフトウェアやサービスで、利用料を払わなければ使えないものは、2026年4月1日から2027年3月31日までの利用料（最大12か月分）も対象です。運用・保守などのランニングコストは、対象外です。

※厚生労働省のページの「現時点のスケジュール（予定）」です。原則として、内示の後に行ったICT機器の導入などの費用が対象です。受付は都道府県ごとで、2026年度の募集を終えた県もあります（例：栃木県。2026年11月13日に確認）。病院のご担当の方は、都道府県の担当課にご確認ください。

実施要綱は、業務効率化計画の目標の例を挙げています。たとえば、「診療情報提供書、退院時サマリ等の文書作成に要する時間の減」や「レセプト点検業務に要する時間の減」です。補助を受けた病院は、厚生労働大臣が定めるデータを提出します。取組の内容と成果は、厚生労働省から公表されます。評価で成果が認められないと、補助金の返還を求められる場合があります。

働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース・病院等）

成果目標を1つ以上選び、その達成に向けた取組を行う中小企業事業主に、費用の一部を助成する厚生労働省の助成金です。病院だけでなく、医師を雇用している（勤務医がいる）診療所も対象に含まれます。

支給要領は、労務管理用ソフトウェアの例として「既存の労務管理用ソフトウェア及び給与システムの連携を、ＲＰＡ等を用いて自動化すること」を挙げています。書類の下書きなど、ほかの業務のAI・RPAが対象になるかは、明記がありません。対象と認められるには、作業単位あたりの労働時間が減ることを、客観的かつ合理的に示す必要があります。申請先の都道府県労働局にご確認ください。

業務改善助成金

生産性向上に資する設備投資等を行い、事業場内最低賃金（事業場内で最も低い賃金）を一定額以上引き上げた場合に、費用の一部を助成する制度です。設備投資と賃金の引上げは、これから実施するものが対象です。労働者がいない場合は、対象になりません。助成額は、設備投資等の費用に助成率をかけた額と、助成上限額のいずれか低い額です。助成上限額は、賃金の引上げ額と、引き上げる労働者の数で変わります。AI・RPAのソフトウェアが対象になるかは、申請先の都道府県労働局にお問い合わせください。

2026年度の申請期間は、9月1日から、都道府県の地域別最低賃金の発効日の前日か、11月30日のいずれか早い日までです。貴院のある都道府県の発効日をすでに過ぎている場合、2026年度の受付は終わっています。2026年11月13日の時点で申請期間が残っているのは、岩手・京都・佐賀・熊本・沖縄の5府県だけです。期限は、佐賀が11月14日、京都が11月15日、岩手・熊本・沖縄が11月30日です。

なお、厚生労働省は業務改善助成金のページで、「厚生労働省や労働局が、特定の事業者に助成金の勧誘を委託することはありません」と注意を呼びかけています。

出典：厚生労働省「医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業について」、同「令和８年度（令和７年度からの繰越分）医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業の実施について」（医政発0213第22号、令和8年2月13日） PDF p.2〜5、栃木県「医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業」、厚生労働省「働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）」、同リーフレット「令和８年度 働き方改革推進支援助成金 業種別課題対応コース（病院等）のご案内」 p.1〜2、同「働き方改革推進支援助成金支給要領（業種別課題対応コース）」 PDF p.7・p.11、同「業務改善助成金」（注意喚起を含む）、同「令和８年度地域別最低賃金全国一覧」

申請の前に、AIに任せる業務と時間を書き出す

デジタル化・AI導入補助金の申請では、労働生産性を伸ばす3年間の事業計画を出します。労働生産性の計算式の分母は、年間の総労働時間です。どの業務に毎月どれだけの時間がかかっているかを、先に書き出しておくと便利です。IT導入支援事業者と計画を立てるときの材料になり、ITツールを選ぶ手がかりにもなります。

次の表に、業務ごとの担当・件数・時間を書き入れてみてください。業務の欄は例ですので、貴院の業務に置き換えてお使いください。

※記入用の表です。数字は入っていません。印刷するか、紙に写してお使いください。スマートフォンでは、表を横にスクロールできます。

MS-AIで受け持てる業務

私たち株式会社MedSync（メドシンク）は、記録から書類をつくり、送るところまで進める医療機関向けAI「MS-AI」を提供しています。AIロボットが記録を集め、AIが書類の下書きをつくります。院内で内容を確かめたうえで、登録や送付まで進められます。どの業務をAIとロボットに任せ、どこを人が確かめるかは、導入の前に院内のご担当の方と一緒に決めます。

たとえば、ある在宅医療のクリニックでは、在宅データ提出加算のデータ作成のうち、記録から項目を集めて電子カルテに入れる部分を、ロボットとAIが担っています。届出、内容の確認、提出は院内で行っています。作業ごとに分けた5本のロボットが動いています（2026年10月時点）。

このクリニックで、1か月に在宅データ提出加算の準備にかかる人の作業時間を見積もると、手作業で準備する場合が約80時間、いまの運用が約14時間です。いまの運用の約14時間のうち半分あまりは、看護師が訪問のたびに情報を電子カルテに入れる時間です。この作業は、ロボットとAIを使ってもなくなりません。作業の分担は、在宅データ提出加算の算定要件・届出・試行データで紹介しています。

※いずれも推定値で、実測値ではありません。「手作業で準備する場合」は、1件あたりの作業時間と1か月の件数から見積もった値です（このクリニックは、データの準備を始めたときからロボットを使っています）。「いまの運用」は、訪問のたびの情報の入力、一覧の確認と修正、不備の修正、提出など、人が行う作業の時間を積み上げた値で、2026年8月に算出しました。効果は施設・対象業務・運用により異なります。

MS-AIに含まれるRPA（BizRobo!）のライセンスなど、費用の一部は、デジタル化・AI導入補助金の対象になる場合があります。対象になるかどうかや申請の進め方は、ご相談の際にご案内します。交付決定の前に契約した分は補助の対象にならないため、補助金をお考えの場合は、ご契約の前にお知らせください（MS-AIの費用を見る）。

• MS-AIの機能と費用を見る
• RPA（BizRobo!・AUTORO）だけで始める場合の費用と進め方を見る
• 医療機関の導入事例を見る

AIを使い始める前の院内のルールは、シャドーAI対策｜病院の生成AI・ChatGPTの院内ルールで説明しています。MS-AIでの情報の扱いは、MS-AIの情報セキュリティでご覧いただけます。

出典：公募要領 PDF p.8、MedSync「MS-AI」「医療機関のRPA導入・運用支援」「在宅データ提出加算の算定要件・届出・試行データ」（2026年11月13日に確認）

AI導入の補助金についてよくあるご質問

IT導入補助金は、なくなったのですか。

なくなってはいません。2026年度から、名前が「デジタル化・AI導入補助金」に変わりました。事業の名前は「中小企業デジタル化・AI導入支援事業」です。

12月9日が締切だと聞きました。

2026年12月9日（水）17:00は、IT導入支援事業者が行う、ITツール登録の最終締切です。医療機関の交付申請の締切は、通常枠の7次が2026年12月1日（火）17:00です。事業全体の最終締切は、2027年1月7日（木）17:00です。

個人で開業しているクリニックも申請できますか。

個人事業主として申請できます。事務局の公式サイトの「申請の対象となる方」は、医療をサービス業の例に挙げています。サービス業は、資本金5,000万円以下か、常時使用する従業員100人以下のどちらかを満たせば対象です。必要な書類は、個人事業主向けの4種類です。

医療法人は、小規模事業者向けの補助率を使えますか。

使えません。公募要領で、医療法人は小規模事業者に当たらないとされています。通常枠の補助率は、2分の1以内（条件により3分の2以内）です。

賃上げの計画は必要ですか。

保険医療機関は、1人当たり給与支給総額などの賃上げの要件（公募要領の（テ）（ト）（ナ））の適用外です。ただし、労働生産性を1年後に3％以上、3年間の年平均で3％以上伸ばす事業計画は必要です。

すでに契約しているAIのサービスも、対象になりますか。

交付決定の前に契約・発注・支払いをした分は、補助の対象外です。いまお使いのサービスの追加や更新を申請に含められるかは、IT導入支援事業者か事務局にお尋ねください。

RPAだけで申請できますか。

汎用プロセス（汎Ｐ-07）だけで登録されたITツールは、単独では交付申請できません。RPAは、汎Ｐ-07の機能の例に挙がっています。業務プロセス（共Ｐ-01〜05・医Ｐ-06）を含むITツールと組み合わせて申請すると、1つのプロセスとして数えられます。登録のプロセスは、ITツール検索で調べるか、IT導入支援事業者にお尋ねください。

補助金は、導入の前に受け取れますか。

受け取れません。交付決定の後に契約・導入・支払いを済ませ、実績報告をして補助金の額が確定してから、事務局から支払われます。ITツールの代金は、先に医療機関が支払います。

生成AIのサービスは、対象になりますか。

事務局に登録されたITツールであれば、AIを含むソフトウェアも対象になり得ます。ただし、ITツールは業務プロセス（共Ｐ-01〜05・医Ｐ-06）を1つ以上含む必要があります。文書作成ソフトやチャットボットのような汎用プロセスだけのツールは、単独では申請できません。ITツール検索で、AI機能のあるツールを絞り込めます。病院向けの業務効率化・職場環境改善支援事業では、「生成ＡＩを活用した各種業務支援サービス（ＡＩ問診や文書自動作成支援等）」が対象に明記されています。

GビズIDプライムは、どれくらいで取れますか。

2026年7月9日から、法人代表者のオンライン申請の審査は、24時間365日速やかに行われるようになりました。書類申請の審査期間は、最大1か月です。選べる申請方法は、事業区分やマイナンバーカードの保有状況などで変わります。締切が近い場合は、早めに手続きを始めてください。

執筆：株式会社MedSync。制度の内容は、調査基準日（2026年11月13日）の時点のものです。締切・要件は変わることがあります。申請にあたっては、各制度の公式サイトで最新の情報をご確認ください。